Как можно удалить Главное и личное вверху в johnCms?

просто закоментируй их и все используя //

убери их. ИМХО

// Выводим меню пользователя
echo '<div class="tmn">';
//echo ($headmod != "mainpage" || ($headmod == 'mainpage' && $act)) ? '<a href=\'' . $home . '\'>На главную</a> | ' : '';
//echo ($user_id && $mod != 'cab') ? '<a href="' . $home . '/index.php?act=cab">Личное</a> | ' : '';
//echo $user_id ? '<a href="' . $home . '/exit.php">Выход</a>' : '<a href="' . $home . '/login.php">Вход</a> | <a href="' . $home . '/registration.php">Регистрация</a>';
echo '</div>';
echo '<div class="maintxt">'


public_html/incfiles/head.php