после запроса с регистрацией
прописать:
$userId = mysql_insert_id();
далее уже:
mysql_query("INSERT INTO `notifications` (`from_id`, `user_id`, `msg`, `time`) VALUES ('".$userId."', 'ID', 'Добро пожаловать в наш топ!<br/>
С уважением, администрация топ-рейтинга GITOP.RU', '". time() ."')");