Используйте PHP библиотеку для работы с бинарным ffmpeg: https://github.com/PHP-FFMpeg/PHP-FFMpeg
Естественно это подойдёт только для VPS или своего сервера, на обычном массовом хостинге обычно не разрешают запускать какие-либо linux программы (пусть даже это и ffmpeg) и вообще использовать shell.