Пришла обнова, но обновлялка ругается, что нет рута у меня для обновления шторма.
По своему опыту знаю, что если обновить из-под рута, т буден создан второй экземпляр шторма (второй конфиг) и если обновиться таким образом, то потом при обычном запуске обновы не будет видно.

Я задаю себя владельцем папки со штормом

sudo chown -R $user:$user /usr/share/phpstorm

в результате при вызове меню обновления в шторме никаких предупреждений нет и кнопка для обновления разблокирована

Этого достаточно или нужно ещё права выставить?

sudo chmod -R 755 /usr/share/phpstorm