mysqli_fetch_array без второго аргумента будет давать массив с нумерованными и именованными ключами, а соответственно результат будет занимать в 2 раза больше места в памяти и в 2 раза больше времени на пересылку данных. mysqli_fetch_assoc выводит только именованные ключи. Но в любом случае при нрынешних вычислительных мощностях это имеет мизерное значение.