ну это настройки сервера

PhpStorm , да там настраиваешь и он должен быть https а он меняет то то тот

Ответ: домен .dev принадлежит компании Google и браузеры автоматически перенаправляют сайты .dev на https

Решение: не использовать домен .dev для локальных хостов

Все браузеры ищут фавикон в корне, пошло это со времен IE.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Favicon

зачем тег тогда для фавиокона, странно

PhpStorm , по дефолту ищут ico, тегом можно явно указать например png. Помимо этого, юзабельно для всяких тем, например захотелось иконку на новый год поменять - такая возможность есть.