этот код работает везде, где есть SSL сертификат и при его использовании сайт ВСЕГДА будет загружаться по ссылке https://site.ru

есть еще nginx, который стоит перед apache, и у него могут быть свои редиректы на http или https

Вилы_Выкидные , сайт загружается по https, но из за тучи правил в htaccess происходит циклическая переадресация.

тот код что я давал избавлен от циклической переадресации

тучи правил в нём нет, сначала происходит переадресация всех запросов на https, потом настроен редирект с www на без www

так что там с phpinfo() то)
А то что-то мне кажется что не в том направлении вы "роете" мастера :)

у него сайт по двум протоколам грузится, я так понимаю нужно редиректить на какой-то один, чтобы склейки не было

Вилы_Выкидные , клея от разных протоколов - не будет

Для поисковиков http и https - это два разных ресурса.

Вилы_Выкидные , видимо у нас разные поисковики :)

Эм?